Primer Design Studio | 引物设计工作室

目标基因或 RefSeq accession

支持“基因名 + 物种 + strain/isolate”自动查候选条目，也支持直接输入 accession。

物种来源

只在基因名检索时使用；如果你直接填 accession，这一项只作为结果备注。

毒株 / isolate（可选）

更适合病毒或菌株差异明显的目标；用于候选条目排序和过滤。

设计参数

优先 gDNA 安全组合 TaqMan 探针模式

当前 MVP 已经接上真实序列检索和引物扫描；Homo sapiens 的 RT-qPCR 结果会自动做 3' 端 dbSNP 预警。

候选条目选择

先查询基因名，再从候选 accession 条目里选择一个。

基因敲除 (Knock-out)

针对编码区设计，实现基因功能缺失

基因敲入 (Knock-in)

针对特定位置，实现精准编辑

目标 DNA 序列

支持把本地序列文件直接导进来，后台会保留 accession、topology 和 feature 元数据。

目标基因或 NCBI accession（可选）

结果名称（可选）

物种来源

毒株 / isolate（可选）

当前算法

PAM 集合

默认使用严格的 `NGG`。如果你需要更高覆盖率，可以切到放宽集合，但候选位点的实验验证成本也会更高。

候选条目选择

如果你输入的是基因名，可以先查询候选条目，再指定 accession 设计 sgRNA。

目标 mRNA / cDNA 序列

支持 transcript/cDNA 文件直接导入；如果是 GenBank，accession 和 feature 会一起保留下来。

目标基因或 RefSeq transcript accession

结果名称（可选）

物种来源

毒株 / isolate（可选）

当前算法

Duplex 长度

输出格式

优先共享转录本靶点仅保留 CDS 区候选排除 High 风险候选

当前版本会结合 transcript 内规则、CDS/UTR 注释和转录本共享区提示做轻量排序；上面的偏好可以进一步把结果收敛成更像 shortlist 的候选。

候选 transcript 选择

如果你输入的是基因名，可以先查 transcript 候选，再指定 accession 设计 siRNA。

DNA / cDNA 序列 (5' → 3')

导入后会自动识别格式，GenBank 里的 feature 会在结果页导出时保留下来。

序列引物

尝试 TaqMan 探针

适合你已经手头有序列的时候快速出引物，不再依赖基因名检索。

插入片段序列 / insert (5' → 3')

适合直接导入 insert 片段或载体片段文件，结果页可以再导回 FASTA / GenBank。

Insert 预览

导入文件或点“预览 insert”后，这里会显示长度、feature 和基础图谱。

结果名称（可选）

克隆模式

左侧载体衔接序列

填写插入位点左侧载体序列，系统会自动取最右端那段做前向引物的 5' 同源臂。

右侧载体衔接序列

填写插入位点右侧载体序列，系统会自动取最左端那段并反向互补后加到反向引物 5' 端。

同源臂长度

常见建议 18-25 bp。

前向酶切位点

反向酶切位点

保护碱基长度

默认每条位点前加 4 bp GC 保护碱基。

位点留空时自动选择推荐双酶切

当前优先覆盖常见 Type II 酶；如果输入自定义非回文位点，请再人工确认方向性。

载体序列（可选）

载体序列是可选项，但补上之后系统才能判断唯一切位和片段长度。

载体预览

导入载体或点“预览载体”后，这里会显示环形/线性图和 feature 摘要。

载体拓扑

质粒默认选 circular；如果你给的是线性化 backbone，请改成 linear。

会扫描内置常见酶库，告诉你 insert 是否含内部位点，以及载体里有哪些唯一切位。

酶切位点扫描

点“扫描常见酶位点”后，这里会显示 insert 冲突位点、载体唯一切位和推荐候选酶。

Type IIS 酶

左侧 overhang

填写 insert 5' 端拼接后保留下来的组装 overhang。

右侧 overhang

填写 insert 3' 端拼接后保留下来的组装 overhang。

保护碱基长度

默认每条 Type IIS 位点前加 4 bp GC 保护碱基。

当前优先支持单 insert 的 Golden Gate 引物设计；系统会自动加 Type IIS 识别位点、spacer 和你指定的 overhang。

载体序列（可选）

Golden Gate 会优先检查 insert / vector 里是否已经带有同一个 Type IIS 识别位点。

Golden Gate 载体预览

导入或预览后，这里会显示 backbone 的基础图谱，便于先核对 dropout 边界。

载体拓扑

如果你给的是质粒，通常选 circular；如果给的是线性 donor/backbone，再切到 linear。

分子克隆说明

这页输出的是“带 5' 接头 / 同源臂”的克隆 PCR 引物。PCR 退火温度主要参考 3' 端退火区 core Tm，不按整条引物总长度计算。

Agent 模式

如果你希望系统自动判断 Gibson / 双酶切路线、生成计划并直接执行，请切到单独的 Agent 页。这样 Agent 会和手动表单彻底分开，入口也更清楚。

Agent

实验设计 Agent

当前任务：等待输入

状态空闲

运行模式 规划后执行

推理来源规则

告诉 Agent 你要完成什么

目标输入

直接描述目标，也可以粘贴序列、accession 或构建设想。

自然语言基因名 Accession 序列

上下文最近页面：RT-qPCR

状态自动路由中

模型本地规则未接入

示例

任务指令

当前判断

任务理解、方案判断和下一步都收在这里。

分析后，这里会汇总任务理解与当前判断。

推荐方案、备选路线和图形会在这里展开。

质量检查会在这里更新。

待确认

只保留会改变结果的关键决策。

没有待确认项时，这里会保持安静。

可复用输入

最近工具页里能直接沿用的输入。

可复用输入会在分析后自动带入。

风险

只看当前最高优先级风险。

这里只保留当前最高优先级风险。

模板 DNA 序列 (5' → 3')

如果你手里是质粒的 `.gb/.gbk` 文件，可以直接导进来做定点突变。

结果名称（可选）

输入模式

突变起始位置（1-based）

原序列

必须与模板序列在该位置的原始碱基完全一致。

目标序列

当前版本支持等长替换，不支持插入或缺失。

定点突变说明

会优先生成适合 whole-plasmid PCR / overlap PCR 的成对突变引物，突变位点尽量放在引物中部，两侧保留足够匹配碱基。

基因列表 (每行一个基因，可选物种 / strain / accession)

已保存项目

暂无保存项目

历史记录

暂无历史记录

基因敲除 (Knock-out)

基因敲入 (Knock-in)

实验设计 Agent

设计结果